经国务院批准，横琴口岸澳方口岸区及相关延伸区第二阶段客货车检区域（澳门大学连接横琴口岸通道桥除外），自4月20日零时起正式交付澳门特别行政区使用，并依照澳门特别行政区法律实施管辖。
粤澳双方当日零时在横琴口岸二期随车人员验放厅北侧通道举行了移交仪式。
横琴口岸第二阶段相关区域移交澳门后，粤澳两地相关部门将继续推进通关设施设备的安装与联调联试。随后将进行通关压力测试及举行各类应急消防演习，以确保横琴口岸永久客货车通道及随车人员验放厅正式开通后安全、顺畅、高效运行。
据介绍，横琴口岸二期永久客货车道将采用“联合一站式”通关模式，届时进出境车辆只需一次排队，便可完成两地海关、边检及检验检疫程序，有效节省通关时间。
在横琴口岸二期永久客货车通道正式开通前，通关车辆仍需使用目前的临时通关车道。
横琴口岸澳方口岸区分三个阶段移交澳方管理，第一阶段旅检大楼及相关延伸区已于2020年3月18日移交澳门管理，并于同年8月18日正式通关。第三阶段是澳门轻轨延伸至横琴口岸区域，预计2024年第四季度完成建设。
