厄爾尼諾現象導致巴拿馬降雨減少，巴拿馬運河3日起下調每日允許船舶通行數量。
據巴拿馬運河管理局發布的公告，由於為運河供水的人工湖水位下降，9月3日起，運河每日可用通行名額總數從36個減少到34個，其中，新巴拿馬型船閘為9個，巴拿馬型船閘25個。9月15日起每日通行名額總數將進一步減少到32個。船舶吃水深度從15.24米降至14.63米。
這條水閘式運河採取階梯通行方式。船隻必須「乘電梯」通行，經過一級級船閘升降船體。運河水源主要依靠雨水補給，儲存在多個人工湖中。如果沒有足夠的水，升降船隻的船閘將無法正常運轉。
運河管理局水資源經理埃里克·科爾多瓦說：「水是運營（運河）最重要的資源，但4月至8月的累計降雨量缺口比歷史平均水平低35.8%……短期內看不到改善跡象。」
巴拿馬運河管理局表示，雖然巴拿馬已進入雨季，且運河方面也採取了相應節水措施，但運河流域內降雨量仍不及預期。
受厄爾尼諾現象影響，巴拿馬政府8月25日宣布全國進入緊急狀態，以應對乾旱、洪水等災害風險及其對巴拿馬運河航運、農業和能源供應等方面造成的影響。
